pcr試劑盒只是用來“放大”DNA的小工具,為什么說它能給基因調(diào)控機(jī)制提供線索?道理很簡單:調(diào)控研究首先要“看見”基因和它們的變化,而pcr試劑盒讓原本極微量的DNA、RNA變得足夠多、足夠清晰,科學(xué)家才能讀出調(diào)控的細(xì)節(jié)。下面分三點(diǎn)說明:
1.讓“開關(guān)”狀態(tài)看得見
基因調(diào)控的核心是“什么時(shí)候開、什么時(shí)候關(guān)”。細(xì)胞里的mRNA量直接反映開關(guān)狀態(tài),但單個(gè)細(xì)胞里的mRNA極少,用常規(guī)方法測(cè)不到。帶逆轉(zhuǎn)錄步驟的rt-pcr試劑盒把RNA轉(zhuǎn)成cDNA,再擴(kuò)增到可檢測(cè)水平,科研人員就能通過產(chǎn)物量判斷某基因在特定時(shí)間點(diǎn)是否被激活。例如,比較正常細(xì)胞和藥物處理細(xì)胞的mRNA量,即可發(fā)現(xiàn)藥物誘導(dǎo)或抑制了哪些基因。
2.讓“微調(diào)”幅度測(cè)得準(zhǔn)
調(diào)控不只是“開/關(guān)”,還有“開多大”。實(shí)時(shí)熒光PCR(qPCR)試劑盒在擴(kuò)增過程中實(shí)時(shí)采集熒光信號(hào),可精確計(jì)算起始模板數(shù)量,誤差常小于2倍。這樣科學(xué)家就能量化轉(zhuǎn)錄因子過表達(dá)或RNA干擾后目標(biāo)基因的變化幅度,進(jìn)而構(gòu)建劑量-效應(yīng)曲線,找出調(diào)控強(qiáng)度與表型的關(guān)系。
3.讓“位置”和“結(jié)構(gòu)”信息保留下來
傳統(tǒng)PCR擴(kuò)增后只能得到產(chǎn)物長度,但新一代試劑盒加入了高保真酶、帶修飾的引物或可斷裂探針,可在擴(kuò)增同時(shí)保留甲基化位點(diǎn)、突變點(diǎn)或可變剪切信息。如亞硫酸氫鹽處理后的DNA,經(jīng)特殊PCR擴(kuò)增,可檢測(cè)啟動(dòng)子區(qū)甲基化程度,揭示表觀遺傳調(diào)控機(jī)制;再如,利用跨越外顯子-內(nèi)含子邊界的引物,可分辨不同剪切變體,從而發(fā)現(xiàn)剪切因子如何微調(diào)蛋白功能。
pcr試劑盒本身不做調(diào)控,卻像“放大鏡”和“計(jì)數(shù)器”,把基因表達(dá)、修飾、剪切等微弱信號(hào)放大到可測(cè)范圍,讓研究者得以追蹤基因調(diào)控的全過程。沒有這一步,后面的機(jī)制研究就無從下手,所以說它為基因調(diào)控機(jī)制提供了關(guān)鍵線索。